با توجه به چشم اندازها، سیاست ها و اهداف کلی پژوهشگاه، اجرای طرح های پژوهشی از سال 1379 آغاز و تاکنون بیش از 400 عنوان طرح پژوهشی باموفقیت در پژوهشگاه به انجام رسیده است.

معاونت پژوهشی اولویت ارزیابی، داوری و تصویب را به پروپوزال هایی اختصاص خواهد داد که در موضوعات زیر گنجانده شده باشند: 

• مطالعات فعالیت بدنی و تندرستی
• ارتقاء عملکرد در ورزش قهرمانی
• طب ورزشی
• مدیریت و سیاست گذاری در ورزش
• علوم رفتاری در ورزش
• جامعه شناسی و روان شناسی ورزش
• بیومکانیک ورزشی
• مهندسی ورزش
• بازاریابی و تجاری سازی در ورزش